食管超聲內(nèi)鏡檢查的缺點(diǎn)是不能完整顯示食管的病變，檢查時(shí)不能發(fā)現(xiàn)早期的食管癌或食管良性增生等情況，無法與正常組織區(qū)分。此外，由于食管內(nèi)超聲探頭無法伸入，因此不能明確其位置、長(zhǎng)度。

1、完整顯示食管：由于食管超聲內(nèi)鏡是將內(nèi)鏡探頭伸入食管腔，因此不能完整顯示食管的病變，如早期的食管癌、食管憩室或食管炎等;

2、無法完整顯示食管：部分情況下早期食管癌在內(nèi)鏡下表現(xiàn)不典型，如食管下段腫瘤或賁門癌在內(nèi)鏡下表現(xiàn)為平坦型，而部分患者可能出現(xiàn)食管壁增厚，也不能完全顯示病變;

3、無法明確其位置：部分患者由于體位的問題，如食管比較僵硬或者食管有異物，在內(nèi)鏡進(jìn)入食管的過程中可能會(huì)導(dǎo)致病變的位置無法明確，同時(shí)也不能明確病變的長(zhǎng)度;

4、無法明確其性質(zhì)：如賁門部腫瘤由于病變較大，通過內(nèi)鏡檢查可能無法明確其性質(zhì)，而對(duì)于食管中段的病變或者彌漫性病變，也不能完全顯示病變的范圍。

除上述缺點(diǎn)外，由于食管超聲內(nèi)鏡檢查是將整個(gè)探頭伸入食管，因此在檢查過程中患者會(huì)出現(xiàn)惡心、嘔吐等癥狀。而且由于內(nèi)鏡的觀察視野較小，也不能明確其位置或者病變的深度。當(dāng)存在疑似病變時(shí)，最好進(jìn)一步進(jìn)行CT、核磁共振等檢查以明確診斷。