CT檢查和超聲內鏡檢查均有一定的副作用，CT檢查的副作用可能更大一些。但是如果患者病情需要，也可以在醫生的指導下，選擇更加合適的檢查方式。

1、CT檢查：CT檢查的副作用主要是輻射，患者如果一年內接受過量的CT檢查，可能會對人體產生一些影響，另外由于患者本身患有甲狀腺疾病，CT檢查后還可能會導致病情加重。此外，如果患者有造影劑過敏的病史，CT檢查可能會誘發患者出現過敏反應;

2、超聲內鏡：超聲內鏡是指在內鏡檢查中，應用內鏡來觀察消化道病變的一種微創技術。由于超聲內鏡比較粗糙，患者如果在檢查時不配合，可能會導致發生黏膜損傷。此外，由于超聲內鏡是通過口腔進行檢查，患者如果在檢查時出現亂動，可能會導致腸道出現相對位置改變，影響圖像觀察，從而不能很好地顯示病變。

以上兩種CT檢查都有一定的副作用，但是副作用相對而言較小，患者可以根據病情需要及時選擇更加合適自己的檢查方式。如果患者進行CT檢查后出現惡心、頭暈等不適癥狀，建議及時告知醫生進行休息。如果患者在進行超聲內鏡檢查時出現不適癥狀，也應及時停止檢查并進行相應處理。